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太医院在紫禁城东南隅，紧邻御药房，院子不大，几棵老槐树遮了半边天。编书的事定下来之后，皇帝让太医院的人到文渊阁翻抄大典医学卷，但太医院院判回去之后思前想后，觉得不妥，次日又进宫求见，说“编医书在太医院更好”，皇帝便准了。
于是文渊阁那边的大典关于医学方面的抄本被搬到了太医院东厢，几排长案一字排开，书册堆了半间屋子，其余几间值房里也临时增加了书案，每日都有医官轮值抄录。
太医院院判姓方，五十六岁，在太医院待了二十多年，熟悉历代医书。他坐在东厢靠窗的位子前，手里翻着一册刚从文渊阁搬来的大典抄本，眉头微微皱着。两个医官坐在旁边的长案前抄录药方，一个管抄写，一个管校对，手里翻着书页，墨迹落在纸上，笔尖偶尔停顿，像是在辨认古字。屋角还有一名书吏在誊抄分类索引。
方院判翻到某一页时停住了，又往回翻了几页，放在桌上，站起身来，走到旁边一个年轻医官身后，低头看了看他正在抄录的条目：“这个方子你核对过了？”
“核对过了，与大典原文一致。”年轻医官答。
“条文确实一致。”方院判沉默了一下，“但有些东西，大典里没有。”
他回到自己案前坐下，翻开一本手边自带的小册子——这是一本他自己从南京带回来的书，蓝色的纸皮，略微有些卷边。他翻开其中一页，上面密密麻麻写着药材的分类和注疏，比大典抄本里的旧方更详细、更完善，条文之下附有各家批注和药材性状的描述，分类方式也不同于大典所用的旧例。他看了一会儿，把那本册子放在桌上，又翻开大典抄本对照着看了几行，像是要在两个页面上辨认同一个名字，但他一直没有开口说话。
当天傍晚，方院判收拾了案上的书册，把那本蓝色封皮的书单独用布包好，夹在腋下，出了太医院的门，没有回值房，径直朝文渊阁的方向走去。余有丁正在文渊阁西厢统稿，方院判站在门口，没有进门，只把门帘掀开半边，低声说了一句：“余阁老，有件事我想跟您当面说一说。”
余有丁抬起头来，看见他腋下夹着一本书，便放下笔：“进来坐。”方院判进门后没有坐，先把那本蓝皮册子放在桌上，翻开到他折好页角的地方：“余阁老，大典里的医书确实齐全，但它收的都是永乐以前的东西。近两百年来的新著，一本也没有。”
方院判继续说：“去年，南京那边出了一部书叫《本草纲目》，是