京工部尚书、兵部尚书、户部尚书，平生峭直矜节，犯颜敢谏，执法刚猛，让他入阁，朝中没有人觉得意外。李世达则是从左都御史位上擢升的，嘉靖三十五年进士，历任户部主事、考功郎中、南京吏部尚书，最终执掌都察院，为官刚正不阿，风纪凛然。他入阁的消息传出来时，比王遴的议论更多——因为他以左都御史掌院之尊直接入阁，在明代极为罕见，路径之特殊，令人侧目。
私下不少人在说，皇帝对吏治有了新想法。
六部的人事变动也不小。吏部尚书换了人，原任侍郎王弘诲接任；户部尚书由原任侍郎李三才接任——他从钞关整顿到盐政剖析，一路走来，对钱粮之事比谁都熟。工部侍郎曾同亨致仕，接任者是贺盛瑞，精于营造和物料核算。兵部左侍郎调任南京，补了孙鑛。这些变动在邸报上只是一行字，但在京城的大小衙门里，足够让人品读很久。
这三年里，练兵总督府完成了九边兵制改革的第二步。蓟镇试点用了一年——旧卫所全部裁汰，空额清干净，精兵编入新军，军屯田产收归专项库。第二年，宣府和大同跟进，过程比蓟镇更波折一些。宣大那边的将领抵制了三个月，有人暗中串联，有人上书抗辩，有人直接拖着不办。皇帝没有亲自出面，戚继光也没有动手，只是让人把蓟镇新军拉到宣大边界上操练了一个月，火铳的声响隔着几座山头都能听到。宣大那边的将领看完操练之后收了声。
戚继光老了，但比前些年更意气风发。他当了一辈子兵，写了一辈子兵书，一生执着只在练兵二字。蓟镇练兵的那些年，他写下了《练兵实纪》，开篇便说“教兵之法，美观则不实用，实用则不美观”，标曰“实纪”，正是为了征实用。如今他书里写的东西正在一寸一寸地变成边镇的实况。他每次巡营回来，脸上都带着一种笃定的神情，这一辈子的心血终于有了落脚的地方。
在这两年多里，他和皇帝一起做了一件本身很小、但影响深远的事——在蓟镇练兵总督府开设了演武堂，专门选拔培养中青年将领。入选演武堂的将官，不问出身、不查门第，只看实战经验和练兵成效。这些人中很少有与勋贵牵连较深的背景，他们只知道朝廷，不知其他。已经有数批从演武堂结业的将领，陆续派往宣大和山西各镇担任中低层武职。
兵制改革的新模式下，钱粮从太仆寺和清核厅的专项库里出，从军屯的田租里出，直接发到各镇军需官手中，不经地方官中转。各镇军需官由九边练兵总制衙门选派，三年一换，户部备案，账目与司礼监核对。