戚继光在这三年也配合兵部和内阁，将考成法结合新兵的情况进行了调整，在军队做到了“务责实效”——有能力、有战功的将领得到擢升，冗员被裁汰。考成法的链条调整为“内阁—兵部和练兵总督府双监管”的模式，迅速高效，也比较准确。军队毕竟简单——战功和练兵效果都比较明确，谁来监管、谁来核定，都有清晰的台账可查。
水师那边也在慢慢成形。六镇水师的战船陆续下水，天津和登莱的船坞已经建成了规模化的船台，福船和沙船同步推进，每年各有数十艘下水。到万历二十五年初，六镇水师的战船总数早已超过了对马岛海战之前的水平，而且制式统一，火炮也都更换兵仗局的制式火炮，海面战力明显有了大的提升，兵员的招募和训练也陆续到位。
潘季驯的身体开始走下坡路了。他两次上疏请求致仕，皇帝第一次留了，第二次松了口。松口之前皇帝对他说：“你走之前，得找个人接住你手里的事。”潘季驯应了。这两年多里，他让工部的人重新编纂了一套《大明海防集要》，把沿海各镇的战船船型和造船工艺统一梳理了一遍。他没有强调船形的多样，而是挑选了最适合大明海战的船型，方便在低成本下快速造船。他还从工部挑了几个叫郎中跟着他，带了大半年，把几座主要船坞的图纸和工序都跟他们进行了交待，又带着他们去南京、福建、广东各船坞巡视了一圈。最近一次奏报里，他写道：“臣已带多名郎中走了五处船坞，翻看了各处的旧图纸和新船型档案。其中，李化龙最优，且于营造之事颇有心得，臣以为可堪接任。”
皇帝看完后批了一个字：“准。”
东北行省的框架也已经搭了起来。辽东与朝鲜交界处设了东宁府，从辽东调了一名通判暂理民政，设了一个商栈和一个官署，由兵部和户部分别派人轮流值守。官署的牌子挂了一年多，朝鲜方面没有提出反对。商路通了，边境贸易慢慢起来，朝鲜商人开始把毛皮、纸张、人参运过来，换走大明的布帛、铁器和药材。
清核厅在王家屏的带领下，这两年多又清出了不少土地。各地藩王名下田产经过持续核查，至万历二十四年底又清出两万多顷，全部收归清核厅和户部统筹。
户部的账也比前几年好看了不少。钞关商税每年稳定增收，专项库的田租和粮食逐步到位，马价银追回来的部分已经全部入账，太仆寺的旧账清了一部分。皇帝没有追问具体的数字，只是看到各部奏报中“亏空”两个字出现的频率，这两年越来越低了。
出海的事也在慢